Biomedicina
Laboratorija za funkcionalnu genomiku i proteomiku

Laboratorija za funkcionalnu genomiku i proteomiku

Delatnosti

Resursi

Rezulatati

O nama

________________________________________________________________________________

Laboratorija za funkcionalnu genomiku i proteomiku (LFGP) je najmlađa organizaciona jedinica Nučnoistraživačkog centra za biomedicinu, osnovana odlukom Nastavno-naučnog veća Medicinskog fakulteta Univerziteta u Nišu 30.11. 2007. godine.
Laboratorija se nalazi u suturenu Aneksa zgrade Medicinskog fakulteta i sastoji se iz dva odeljenja:Odeljenja za proteomska ispitivanja i Odeljenja za genomska ispitivanja.

Koordinator rada Laboratorije za funkcionalnu genomiku i proteomiku:

Prof. dr Tatjana Jevtović-Stoimenov (tjevtovic@yahoo.com).

_________________________________________________________________________________

Delatnosti

Osnovna namena Laboratorije za funkcionalnu genomiku i proteomiku je realizacija istraživanja u oblasti biomedicine, biohemije, molekularne biologije, obezbeđivanje podrške u realizaciji naučnih projekata, nastave na osnovnim integrisanim i akademskim doktorskim studijama, kao i međunarodna saradnja sa srodnim institucijama.

Istraživanja i projekti

Veliki obim istraživanja u ovoj laboratoriji se obavlja u sklopu projekta iz oblasti integralnih i interdisciplinarnih istraživanja „Preventivni, terapijski i etički pristup prekliničkim i kliničkim istraživanjima gena i modulatora redoks ćelijske signalizacije u imunskom, inflamatornom i proliferativnom odgovoru ćelije“ finansiranom od strane Ministarstva prosvete, nauke i tehnološkog razvoja Republike Srbije (br. 41018, rukovodilac prof. dr Dušice Pavlović)

Laboratorija za funkcionalnu genomiku i proteomiku bavi se funkcionalnim proučavanjem genomske DNK, RNK, proteina tkiva i telesnih tečnosti, kao markera različitih patoloških stanja. U fokusu su ispitivanja molekularnih mehanizama signalnih molekula koji leže u osnovi autoimunskih, hroničnih inflamatornih, malignih i neurodegenerativnih bolesti, kao i populacione analize, odnosno, ispitivanje učestalosti genskih polimorfizama kao predisponirajućih faktora za pojavu različitih hroničnih inflamatornih bolesti.

U okviru farmakogenetskih ispitivanja rade se analize genetskih polimorfizama na genima za alfa i beta adrenergičke receptore, kao i na genima za enzime iz familije citohroma p 450 2D6, 3A5, 3A4, 2C19, 2C9, MDR1. Istovremeno se ispituje i njihov uticaj na metabolisanje lekova kod pacijenata sa hroničnom srčanom insuficijencijom, akutnim koronarnim sindromom i hroničnom bubrežnom insuficijencijom u saradnji sa kolegama Kliničkog centra u Nišu.

____________________________________________________________________________________________________________________________

Resursi

Metode i analize

U Laboratoriji za funkcionalnu genomiku i proteomiku se vrši relativna kvantifikacija ekspresije gena za:

  • azot oksid sintazu,
  • kaspazu-3,
  • superoksid dizmutazu,
  • adenozin dezaminazu,
  • dezoksiribonukleotidazu,
  • za kalcijum-vezujuće proteine i druge markere koštane produkcije.

Osnovne tehnike i analize koje se izvode u Laboratoriji su:

  • izolacija DNK, RNK i proteina,
  • kvantifikacija na spektrofotometru,
  • amplifikacija ciljanog gena i identifikacija učestalosti polimorfnih alela,
  • merenje genske ekspresije ciljnih gena (relativna kvantifikacija ekspresije gena) primenom sledećih metoda:
  • PCR,
  • reverzna transkripcija PCR,
  • restriktivna digestija (RFLP),
  • horizontalna elektroforeza na agarozi,
  • vertikalna elektroforeza na poliakrilamidnom gelu (PAGE, SDS-PAGE),
  • prečišćavanje DNK sa gela i priprema za sekvenciranje,
  • apsolutna i relativna kvantifikacija na RealTime PCR.

Oprema

Laboratorija poseduje svu neophodnu opremu za realizaciju savremenih istraživanja u oblasti genomike i proteomike, kao što je:

  • Standardna laboratorijska oprema
  • Specifična laboratorijska oprema za genomska i proteomska istraživanja:
  • Maseni spektrometar MALDI-TOF/TOF;
  • PCR instrumenti;
  • Instrumenti za Real Time PCR i sekvenciranje

Osoblje/istraživači/saradnici

U radu odeljenja za genomiku i proteomiku angažovani su:

  • Nastavnici i saradnici Katedre za biohemiju, Katedre za farmaciju, UNO Biologija sa humanom genetikom i drugih.
  • Istraživači saradnici:
  • Dr Stevan Vujić
  • Dr Branislav Apostolović

Naučna saradnja

Laboratorija za funkcionalnu genomiku i proteomiku je preko svojih saradnika istraživača ostvarila dobru saradnju sa Institutom za molekularnu genetiku i genetsko inženjerstvo Univerziteta u Beogradu, Institutom za medicinska istraživanja Univerziteta u Beogradu, Institutom za biomedicinska istraživanja Siniša Stanković Univerziteta u Beogradu, Institutom za nuklearne nauke-Vinča Univerziteta u Beogradu, i sa istraživačima sa drugih fakulteta Univerziteta u Nišu, Kragujevcu, Prištini i Beogradu.

________________________________________________________________________________

Rezultati

U Laboratoriji za funkcionalnu genomiku i proteomiku su ostvareni značajni rezultati, koji se pre svega odnose na ispitivanja učestalosti polimorfizama na genima za pro/anti inflamatorne citokine (TNF alfa, LT alfa, TNFR-1, TNFR-2, TGF beta, IL-6, CARD15), genima uključenim u metabolizam vitamina D (VDR, VDBP, CYP27B1, CYP2R1), genima enzima antioksidativne zaštite (SOD, katalaza, glutation peroksidaza, glutation S transferaza) u zdravoj populaciji i kod obolelih od hroničnih inflamatornih bolesti.

Formirana je banka DNK uzoraka koja raspolaže sa 300 DNK zdravih ispitanika svih uzrasta, DNK pacijenata sa sistemskim eritemskim lupusom (100), reumatoidnim artritisom (145), bronhijalnom astmom (79), inflamatornim bolestima creva (ulcerozni kolitis i Kronova bolest) (90), sarkoidozom (90), dijabetes insipidusom (80) i multiplom sklerozom (84).

Odbranjene doktorske disertacije

  • Dr Jelena Bašić: Oksidativni stres, matriks metaloproteinaza-9 i polimorfizam gena za faktor nekroze tumora i njegov receptor u juvenilnom idiopatskom artritisu. 2010.
  • Dr Marija Vukelić: Procena uloga kostne srži i komponenti krvi u ektopičnoj osteogenezi

na modelu subkutane implantacije kod singenig Balb/c miševa. 2011

  • Dr Sonja Stojanović: Značaj polimorfizma gena za faktor tumorske nekroze alfa i aktivnosti metaloproteinaza u reumatoidnom artritisu. 2012.
  • Dr Valentina Nikolić: Uticaj genske varijabilnosti adrenergičkih receptora i citohroma P450 oksidaze na farmakokinetiku i terapijsku efikasnost beta blokatora kod pacijenata sa srčanom insuficijencijom. 2013.
  • Dr Jelena Radović: Zastupljenost mutacija i R202Q polimorfizma gena za porodičnu mediteransku groznicu i njihov uticaj na oksidativni stres i kliničke zapaljenske manifestacije. 2014.
  • Dr Nikola Stefanović: Značaj genskog polimorfizma citohroma P450 3A5 i enzima antioksidativne zaštite kod pacijenata sa transplantiranim bubregom na terapiji takrolimusom. 2015. UDC: 615.033
  • Dr Milena Despotović: Polimorfizmi gena uključenih u inflamatorne, antioksidativne i imunoregulatorne procese kod obolelih od bronhijalne astme. 2016.
  • Dr Dragana Stokanović: Uticaj genske varijabilnosti P-glikoproteina i citohroma P450 na farmakokinetiku klopidogrela kod bolesnika sa akutnim koronarnim sindromom. 2016.

________________________________________________________________________________

Radovi u časopisima

Rad u vrhunskom međunarodnom časopisu (kategorija M21)

Stefanovic NZ, Cvetkovic TP, Jevtovic-Stoimenov TM, Zvezdanovic-Celebic L, Stojanovic DR, Ignjatovic AM, Zivkovic ND, Velickovic-Radovanovic RM. Potential role of tacrolimus in erythrocytes’ antioxidative capacity in long-term period after renal transplantation. EUR J PHARM SCI 2015; 70: 132-139 M21, IF 3,463

Kocic GM, Sokolovic DT, Jevtovic TM, Cvetkovic TP, Veljkovic AR, Kocic H, Stojanovic SR, Jovanovic A, Jovanovic J, Zivkovic P. Short communication: Effect of commercial or depurinized milk diet on plasma advanced oxidation protein products, cardiovascular markers, and bone marrow CD34(+) stem cell potential in rat experimental hyperuricemia. J DAIRY SCIENCE 2014; 97(11): 6823-6827. M21, IF 3,071

Kocic GM, Pavlovic RM, Nikolic GM, Veljkovic AR, Panseri S, Chiesa LM, Andjelkovic TD, Jevtovic-Stoimenov TM, Sokolovic DT, Cvetkovic TP, Stojanovic SR, Kocic H, Nikolic RS. Effect of commercial or depurinized milk on rat liver growth-regulatory kinases, nuclear factor-kappa B, and endonuclease in experimental hyperuricemia: Comparison with allopurinol therapy. J DAIRY SCIENCE 2014; 97(7): 4029-4042

Kocic G, Bjelakovic Lj, Bjelakovic B, Jevtovic-Stoimenov T, Sokolovic D, Cvetkovic T, Kocic H, Stojanovic S, Langerholc T, and Jonovic M. Impact of Folic Acid Supplementation on Single- and Double-Stranded RNA Degradation in Human Colostrum and Mature Milk. J Medicinal Food. 2014: 17(7): 804-809. doi:10.1089/jmf.2013.0093 M22, IF 1,780

Nikolic VN, Jankovic SM, Velickovic-Radovanovic RM, Apostolovic SR, Stanojevic DM, Zivanovic SC, Stefanovic NZ, Pesic SZ, Jevtovic-Stoimenov TM, Djuric JM, Markovic V, Milovanovic JR. Population pharmacokinetics of carvedilol in patients with congestive heart failure. J PHARMACEUTICAL SCI 2013; 102(8): 2851-2858.

Djordjevic VB, Pavlovic RM, Cosic V, Deljanin-Ilic MZ, Ristic T, Krstic NH, Jevtovic-Stoimenov TM. High clinical accuracy of asymmetric dimethylarginine and symmetric dimethylarginine in patients with ischemic heart disease. AMINO ACIDS 2012; 43(6): 2293-2300

Kocić GM, Pavlovic RM, Nikolic G, Stojanovic D, Jevtovic TM, Sokolovic DT, Cencic A, Stojanovic SR, Jelic MK, Zivanovic S . The effect of depurinized milk draught diet on rat serum uric acid, lipid status and haematological parameters. J ANIMAL PHYSIOL ANIMAL NUTR 2012; 96(4): 648-655

Kocic GM, Nikolic JI, Jevtovic-Stoimenov TM, Sokolovic DT, Kocic H, Cvetkovic TP, Pavlovic DD, Cencic A, Stojanov D. L-Arginine Intake Effect on Adenine Nucleotide Metabolism in Rat Parenchymal and Reproductive Tissues. SCIENTIFIC WORLD JOURNAL 2012 2012:208239. doi: 10.1100/2012/208239.

Kocic GM, Pavlovic RM, Najman SJ, Nikolic G, Sokolovic DT, Jevtovic-Stoimenov TM, Musovic D, Veljkovic AR, Kocic RD, Djindjic N. Circulating Ribonucleic Acids and Metabolic Stress Parameters May Reflect Progression of Autoimmune or Inflammatory Conditions in Juvenile Type 1 Diabetes, THE SCIENTIFIC WORLD JOURNAL 2011;11: 1496-1508

Toncheva D, Mihailova-Hristova M, Vazharova R, Staneva R, Karachanak S, Dimitrov P, Simeonov V, Ivanov S, Balabanski L, Serbezov D, Malinov M, Stefanovic V, Čukuranović R, Polenakovic M, Jankovic-Velickovic L, Djordjevic V, Jevtovic-Stoimenov T, Plaseska-Karanfilska D, Galabov A, Djonov V, Dimova I. NGS nominated CELA1, HSPG2, and KCNK5 as candidate genes for predisposition to Balkan endemic nephropathy. Biomed Res Int 2014;2014:920723. doi: 10.1155/2014/920723.

Nikolic VN, Jevtovic-Stoimenov TM, Velickovic-Radovanovic RM, Ilic SN, Deljanin-Ilic MZ, Marinkovic D, Apostolovic SR, Stanojevic DM, Zivanovic SC, Stefanovic NZ, Pesic SZ, Ruzic-Zecevic DT, Milovanovic JR, Jankovic SM. Population pharmacokinetics of bisoprolol in patients with chronic heart failure. EUR J CLIN PHARMACOL 2013; 69(4): 859-865 (Article)

Nikolic VN, Jevtovic-Stoimenov TM, Stokanovic D, Milovanovic M, Velickovic-Radovanovic RM, Pesic SZ, Stoiljkovic M, Pesic G, Ilic SN, Deljanin-Ilic MZ, Marinkovic D, Stefanovic NZ, Jankovic SM. An inverse correlation between TNF alpha serum levels and heart rate variability in patients with heart failure. J CARDIOL 2013; 62(1-2): 37-43

Šmelcerovic Ž, Rangelov M, Cherneva E, Kocic GM, Stojanovic SR, Jevtovic-Stoimenov TM, Petronijevic ZB, Yancheva D. Inhibition mechanism and molecular modeling studies of the interactions of 6-(propan-2-yl)-3-methyl-morpholine-2,5-dione with xanthine oxidase, BULGARIAN CHEMICAL COMMUNICATIONS 2015;47(3): 783-787

Stefanovic NZ, Cvetkovic TP, Velickovic-Radovanovic RM, Jevtovic-Stoimenov TM, Vlahovic PR, Stojanovic IR, Pavlovic DD. Pharmacogenetics May Influence Tacrolimus Daily Dose, But Not Urinary Tubular Damage Markers in the Long-Term Period After Renal Transplantation. J MEDICAL BIOCHEMISTRY 2015;34(4): 422-430 (Article)

Djordjevic BS, Sokolovic DT, Kocic GM, Veljkovic AR, Despotovic M, Basic JT, Jevtovic-Stoimenov TM, Sokolovic DM. The effect of melatonin on the liver of rats exposed to microwave radiation, BRATISLAVA MEDICAL JOURNAL-BRATISLAVSKE LEKARSKE LISTY 2015;116(2): 96-100

Stefanovic NZ, Cvetkovic TP, Jevtovic-Stoimenov TM, Ignjatovic AM, Paunovic GJ, Velickovic-Radovanovic RM. Investigation of CYP 3A5 and ABCB1 gene polymorphisms in the long-term following renal transplantation: Effects on tacrolimus exposure and kidney function, EXPERIMENTAL AND THERAPEUTIC MEDICINE 2015;10(3): 1149-1156

Kocic GM, Cukuranovic J, Jevtovic-Stoimenov TM, Cukuranovic RI, Djordjevic VB, Bogdanovic DC, Stefanovic VB. Global and specific histone acetylation pattern in patients with Balkan endemic nephropathy, a worldwide disease, RENAL FAILURE 2014;36(7): 1078-1082

Milojkovic B, Kocic GM, Radenkovic SB, Pavlovic RM, Cvetkovic TP, Deljanin-Ilic MZ, Ilic SN, Bobana MD, Djindjic BJ, Stojanovic DR, Sokolovic DT, Jevtovic-Stoimenov TM. Circulating purine compounds, uric acid, and xanthine oxidase/dehydrogenase relationship in essential hypertension and end stage renal disease. RENAL FAILURE 2014;36(4): 613-618 (Article)

Djordjevic VV, Jevtovic-Stoimenov TM, Lazarevic D, Stojanovic IR, Trajanovic LJ, Zikic OV, Djordjevic VB. Association Analysis for Neuronal Nitric Oxide Synthase Gene Polymorphism with Plasma Nitrite/Nitrate Concentration in Schizophrenia, J MEDICAL BIOCHEMISTRY 2014; 33(4): 364-370

Radovic J, Vojinovic J, Bojanic VV, Jevtovic-Stoimenov TM, Kocic GM, Milojkovic M, Veljkovic AR, Markovic I, Stojanovic SR, Pavlovic DD. Lipid Peroxidation and Oxidative Protein Products in Children with Episodic Fever of Unknown Origin. J MEDICAL BIOCHEMISTRY 2014;33(2):197-202 (Article)

Kocic GM, Bjelakovic LjLj, Bjelakovic BB, Jevtovic-Stoimenov TM, Sokolovic DT, Cvetkovic TP, Kocic H, Stojanovic SR, Langerholc T, Jonovic M. Impact of Folic Acid Supplementation on Single- and Double-Stranded RNA Degradation in Human Colostrum and Mature Milk. J MEDICINAL FOOD 2014;17(7): 804-809

Sokolovic DT, Nikolic JI, Kocic GM, Jevtovic-Stoimenov TM, Veljkovic AR, Stojanovic MP, Stanojkovic ZA, Sokolovic DM, Jelic MK. The effect of ursodeoxycholic acid on oxidative stress level and DNase activity in rat liver after bile duct ligation, DRUG AND CHEMICAL TOXICOLOGY 2013; 36(2): 141-148

Sokolovic DT, Djordjevic BS, Kocic GM, Veljkovic AR, Marinkovic MR, Basic JT, Jevtovic-Stoimenov TM, Stanojkovic ZA, Sokolovic DM, Pavlovic V, Djindjic BJ, Krstic DD. Melatonin protects rat thymus against oxidative stress caused by exposure to microwaves and modulates proliferation/apoptosis of thymocytes. GENERAL PHYSIOLOGY AND BIOPHYSICS 2013;32(1): 79-90

Budic I, Pavlovic DD, Kitic DV, Kocic GM, Cvetkovic TP, Simic D, Jevtovic-Stoimenov TM. Tourniquet-induced ischemia-reperfusion injuries during extremity surgery at children’s age: impact of anesthetic chemical structure. REDOX REPORT 2013;18(1): 20-26

Jevtovic-Stoimenov TM, Despotovic M, Pesic ZU, Cosic A. Lack of Association of Tumor Necrosis Factor-alpha G-308A and Transforming Growth Factor-beta 1 C-509T Polymorphisms in Patients with Deep Neck Space Infections, BALKAN J MED GENETICS 2013;16(2): 59-66

Radjenovic-Petkovic T, Pejcic TA, Videnovic-Ivanov JL, Jevtovic-Stoimenov TM, Jankovic ID, Nastasijevic-Borovac D, Radojkovic DB. Tumor Necrosis Factor Alpha Gene Polymorphism in Serbian Patients with Sarcoidosis, SRPSKI ARHIV ZA CELOKUPNO LEKARSTVO 2013;141(3-4): 169-172 (Article)

Bjelakovic GN, Stojanovic IT, Jevtovic-Stoimenov TM, Bjelakovic LjLj, Kamenov BA, Pavlovic DD, Kocic GM, Sokolovic DT, Basic JT, Bjelakovic GB. Is folic acid supplementation to food benefit or risk for human health? PTERIDINES 2013; 24 (3): 165-181

Milovanovic M, Pesic G, Nikolic VN, Jevtovic-Stoimenov TM, Vasic K, Jovic Z, Deljanin-Ilic MZ, Pesic SZ. Vitamin D Deficiency is Associated with Increased IL-17 and Tnf alpha Levels in Patients with Chronic Heart Failure, ARQUIVOS BRASILEIROS DE CARDIOLOGIA, 2012; 98(3): 259-264

Veljkovic AR, Nikolic RS, Kocic GM, Pavlovic DD, Cvetkovic TP, Sokolović DT, Jevtovic TM, Basic JT, Laketic DM, Marinkovic MR, Stojanovic SR, Djordjevic BS, Krsmanovic MM. Protective Effects of Glutathione and Lipoic Acid against Cadmium-Induced Oxidative Stress in Rat’s Kidney. RENAL FAILURE 2012; 34(10):1281-1287

Bjelakovic LjLj, Kocic GM, Stojanovic IT, Jevtovic-Stoimenov TM, Najman SJ, Sokolovic DT, Stojanovic SR, Bjelakovic GN. Folic Acid Effect on Arginase Activity in Human Colostrum and Mature Milk. PTERIDINES 2012; 23(1): 33-39

Radjenovic-Petkovic T, Pejcic TA, Jevtovic-Stoimenov TM, Nastasijevic-Borovac D. Polymorphism of Genes TNF alpha and LT alpha in First-Degree Relatives Suffering from Sarcoidosis-Case report. HEALTHMED 2011; 5(6): 2233-2236

Stojanovic SK, Jevtovic-Stoimenov TM, Stankovic AM, Pavlovic DD, Nedovic JM, Stamenkovic BN, Dimic AN, Marinkovic MR. Association of TNF-alpha Polymorphism (-308 A/G) with High Activity of Rheumatoid Arthritis and Therapy Response to Etanercept. SRPSKI ARHIV ZA CELOKUPNO LEKARSTVO 2011; 139(11-12): 784-789

Tesić Rajković S, Radovanović Dinić B, Jevtović Stoimenov T. The role and importance of biochemical markers in diagnosis of alcoholic acute pancreatitis. Med Pregl 2012; 65(3-4):152-157